对于这些事情，朱载坖自然是心里有数的，王锡爵说的确实是很有道理的，对于这些所谓的朋党，必须要予以严厉整顿，首先就是利用严刑峻法来打击这些朋党势力，朱载坖随后就亲自下旨，命令翰林院律例馆和刑部、大理寺、都察院等法司衙门一道，对于大明律中的奸党一条重新予以修订。
朱载坖要求将朋党明确列入奸党之中，嗣后凡是有朋党结党乱政者，即以奸党治之，朱载坖对于这些事情的处理态度是很明确的，不管什么君子之党，小人之党，都是奸党，没有任何区别。
朱载坖还详细的规定了这些奸党的内容，除了太祖朝所规定的四种情况之外，对于官员立碑和门生、乡谊结党等也一律列入奸党之中，朱载坖还明确要命将为大臣歌功颂德罪改为为为官员歌功颂德罪，对于所有的官员，不准未经皇帝准允就树碑建祠，抚按官立即予以巡视捣毁，尤其是所为的生祠等，一概不许，违者不分主从，以奸党罪之。
朱载坖在上谕中明确的指出：“追言者分曹为朋，率视阁臣为进退，依阿取宠，则与之比，反是则争。比者不容于清议，而争则名高。故其时端撰之地，遂为抨击之业，而国是淆矣。内阁所是，外论必以为非，内阁所非，外论必以为是。此非朝廷所以治国也。”
对于都察院都御史和诸科掌印，朱载坖都予以下旨切责，要求都御史和都给事中们对于这些监察御史和给事中们严加管束，用以维护朝廷的纲纪和法度，整饬吏治。
对于现在言官的权力扩张，朱载坖在上谕中也明确予以切责，朱载坖说道：“大臣惟惮言官能劫己而轻视诸司，言官为恃大臣之能庇己而蔑视公论，诸臣窃名誉，贪货利，树党羽，肆排挤，以欺阁为固然，以奸佞为得计，此亡国之祸也。”
对于现在科道权力膨胀，动辄以舆论胁迫朝廷，这点也是朱载坖所深恶痛绝的，他在诏书们明确说道：“彼其一人之身而毁誉倏忽，爱憎随之，况积毁与群誉者哉。故明主之简用大臣，无他术也，慎其爱憎，而不以毁誉，则善矣。”
朱载坖明确表达了自己在用人上的态度，不以爱憎用大臣，不因舆论对大臣的毁誉而轻下结论，朝廷绝不接受这种以舆论来胁迫大臣，甚至于影响朝廷的
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