对于官吏的贪墨，百姓自然也是极为重视的，但是此案更加令人震惊的事情就是其中的卖官鬻爵，这是令官员们都极为愤慨的事情，以往确实是有一些权臣能够做到，但是那都是首辅这些才行的，而且也必须掌握吏部才行，但是这次两个给事中和几名吏员，就能够操纵布政使一级的官员铨选，这使得很多官员们是极为愤怒的。
他们也纷纷上疏要求朝廷严厉整顿科道，这些年以来，科道等官员在朝廷整顿吏治的过程中确实是发挥了很大的作用，揪出了一批贪官污吏，但是由于科道手握监察大权，和地方官员沆瀣一气的也并不在少数，所以很多官员上疏，应该严厉整顿科道，以保证朝廷科道的清廉。
这点得到了朱载坖的同意，命令对于科道进行整顿，主要由吏部进行考察，同时科道之间也要相互纠劾，对于敢于违法乱纪的，要坚决予以整顿。
而接下来就是对于西域的经略了，随着戚金率领大军攻克叶尔羌，生擒阿布都克里木，叶尔羌的统治已经被大明官军终结，自安史之乱以来失去的西域故土重新被大明纳入其中，尽管朝廷已经占领的西域的各个城市，控制了这些地方，但是要想使得西域能够长治久安，还需要朝廷付出很大的努力。
而且战事刚刚结束，朝廷内部要求召回李成梁的声音就已经很大的，官员们的理由也是很充分的，李成梁年事已高，又是国朝重将，现在战事平息，应该解除李成梁的兵权，令其缴回将印，回到京师委以重任，而且很多官员们也上疏之处，李如松作为李成梁长子，任职军机大臣、提督参谋军务总署，职责重大，而李成梁长期在外统兵，恐有未便，重臣们向朱载坖上疏，以保全李氏父子为由，请求将李成梁调回京师。
朱载坖也认为应该将李成梁调回京师了，于是下达命令，命令沈阳伯黑云龙接替镇守青海总兵官麻贵，麻贵调任提督新疆北路军务，李成梁晋位太保兼太子太师、特进荣禄大夫、左柱国、军机大臣兼练兵总理大臣、国子武学祭酒，这是朱载坖将李成梁调回京师的主要目的。
朱载坖自然也是要考虑到李成梁年事已高，再让其征战有些不合适了，但是李成梁作为经验丰富的老将，还是能够起到很大的作用的，尤
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