个步兵军，则是配置在朝廷各战略要地上，同时将南京京营和中都留守司合并，成立天武军，驻节南京，湖广的机兵和兴都留守司合并，成立虎翼军，驻节武汉，广州、缅甸、倭国等大明的战略要地也要驻守重兵，以守卫大明的国土。
不过令很多人不解的就是，这这次的官军编制调整中，水师也获得了两个军的编制，靖海和横海军，这是很多人所不解的，朱载坖随后让参谋军务总署予以解释，横海军主要是官军在暹罗、占城等地的驻军，负责和水师一道保护这些大明的藩属，而靖海军则是部署在满剌加外府、淡马锡城等大明的海外属地，用以守卫这些战略要地的部队，虽然属于水师管理，但是实际上是陆军，不过他们可以随时乘船机动，善于渡海登陆作战等，也是官军的一支极为重要的力量。
根据这个编制和部署，官军的兵力将会向南方倾斜，尤其是在南洋等地区，官军配置了三个军，兵力仅次于九边。