朱载坖看过之后，同意了大理院的判决，昭告天下，同时内阁也在催促右都御史劳堪将涉及到朱纨一案的其他的当时官员予以查察清楚，同时作出结论，但是劳堪深知，此事必须要通过朱载坖的同意才行，否则的话就是在和朱载坖对着干了，其实事情并不复杂，当时在朝廷上一批闽粤籍的官员和福建巡按御史陈九德等人勾连在一起，对于朱纨进行了迫害，这点并不复杂，但是重要的是朱载坖怎么看此事，责自然是要追的，但是怎么追责，这些必须由朱载坖来决定才行。
所以无论内阁多次催促，劳堪都以事实尚未查清为由予以拒绝，拖延此事。申时行当然不会闲着，毕竟是首辅，申时行还是有很多办法，申时行以内阁阁谕的形式要求闽粤地方官府、海关总署等衙门，加强对于闽粤走私的打击，同时申斥户部在征缴闽粤赋税尤其是海关关税与工商赋税上不力，同时要求学部迅速在闽粤两省推动学政改革，地方官府要严厉查禁所谓的书院，打击闽粤士绅在科举上的垄断。
申时行毕竟是首辅，在行政上还是有很大的权力了，而且能够利用这种行政权力打击闽粤势力，申时行还命令刑部对于闽粤两省的走私行为予以严厉打击，决不姑息，要求闽粤地方官府、海关、盐政、税务分司加强对于闽粤的赋税征缴和解运，同时上疏请求对于闽粤两省的茶叶予以禁榷。
这下算是达到了闽粤商帮的七寸，庞尚鹏不得不上疏说明此事了，茶叶是福建的支柱产业，更是闽粤海商出口的主要货物，茶叶对于闽粤的经济是极为重要的，对于朝廷来说也是极为重要的，庞尚鹏在奏疏中说道：“初春后，筐盈于山，担属于路，负贩之辈，江西、汀州及兴、泉人为多，而贸易于姑苏、厦门及粤东诸处者，亦不尽土著。闽地二千余里，原非饶沃，山田有泉滋润，力耕之，原足给全闽之食。无如始辟地者，多植茶、蜡、麻、芒、蓝靛、糖篇、离枝、甜橘、青子、篇奴之属，耗地已三之一。近来各属茶山，日渐开广。夫建属七邑，向种之稻，本不敷食，仍藉他方运来，补贴不足，尚无不害。若茶山倍于稻田，均仰他省之谷而食，一遇荒年，他省不收，无米运来，乞非又一山西省乎，思之令人
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