这些土司地区，采取温和手段加以教化，在采取驻军、屯兵、修边、筑卡等强硬军事措施的同时，大力推动土司地区的“儒化”，其中主要包括通过设置官学、书院、义学等构建儒家教育体系、给与少数民族士子资助及科举名额优惠、重视对先儒先贤的祭祀、颁令禁止土司地区诸多宗教祭祀活动及风俗习惯、推行三纲五常及忠孝节义观念等等途径。
通过这些举动，在潜意识当中进行潜移默化的推动，同时对于改土归流的总方针，朱载坖也做了规定，就是：改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。对于这些土司和上层人物，也要有针对性的进行安置，或被革除土职后遣送外地安置，或被降为佐贰后留居当地。
要在改土归流地区清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池，设学校；同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地，对于这些地方予以倾斜。
在废除土司世袭制度时，对土司本人，根据他们的态度给以不同的处理。对自动交印者，酌加赏赐，或予世职，或给现任武职。对抗拒者加以惩处，没收财产，并将其迁徙到上述六省以外的省份，另给田房安排生活。在设立府县的同时，添设军事机构，加强朝廷在这些地方的威慑力。
总之就是剿抚并用，正奇兼举，至于临机决断，那就是太子的事情了，什么时候应该用兵进剿，什么该予以招抚，这些事情就是太子的活了，朱载坖对于此事不予干预，不管是内阁还是军机处，一应大权，全部交给太子处理，朱载坖只是明发诏书，要求这六省督抚对于改土归流可以上疏直言，同时也在诏书中明确说明由太子负责此事，皇太孙与闻。
对于皇太孙，由于他现在年纪还是尚小，所以朱载坖用的是与闻政务，也就是在文华殿旁观太子处理政务，召见重臣等事情，学习太子处理政务的方式方法，同时皇太孙也经常居住在西苑，除了讲官们之外，朱载坖也会亲自向皇太孙传授相关的经验。
而朱载坖本人则是关注和北虏、西域的相关事务，以及大明的财政、军费、基础设施建设等事项，而且现在朱载坖已经有了一些空余时间，对于军器监和格物院、文思
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