善后事宜解决好，在原本女真人的地盘上安排卫所屯垦，控制这些地盘，同时加强对于吉林都司等地的支持，对于人口滋生的地方，也要适当的设立州县，先由辽东布政使司管理，到合适的时候，成立吉林布政使司。
而在隆庆二十六年的中秋节，李成梁的报捷奏疏也到了京师，官军在奎屯河大胜卫拉特四部，使得卫拉特四部退却，对于大明来说，击败了卫拉特四部，对于大明在西域是极为有利的，这就意味着天山现在尽在官军的掌握之中了，只要能够逼迫卫拉特四部和大明达成协议，大明的兵锋就可以从天山直接南下，克服喀什等地，一举将汉唐故地纳入大明的怀抱之中，对于朝廷来说自然是极大的好事。
朱载坖对于李成梁、吴兑等人加以赏赐，同时加强对于蒙古各部的招抚，剿抚并用一向是朱载坖对于蒙古诸部的策略，现在外交方面主意是和卫拉特四部打交道了，朱载坖命令云中办事大臣张学颜，要和顺义王、大宝法王等一道与和硕特部谈判，晓以利害，经过两战，他们也应该知道大明官军厉害了，和大明作对是没有任何好处的。
朱载坖表示，大明可以支持和硕特部为卫拉特四部之主，名义上接受顺义王的管理，实则由科布多办事大臣等办事大臣负责处理蒙古的相关事务，朱载坖认为要加强大明对于这些蒙古部落的管理，既然是归顺大明，就必须要接受大明的管理，行封贡之实，和土默特部一样，当然相应的经济支持甚至于帮助蒙古人营建城池等，都可以考虑起来。
而在倭国，在大明的征讨之下，倭国的叛乱也已经被讨平了，官军将这些胆敢叛乱的土司予以消灭，方逢时奏请论功行赏，这些叛乱土司的领地，一部分直接由朝廷予以没收，增加朝廷在倭奴都统使司的力量，同时对于在此次平叛中出力的倭国土司，也要予以赏赐，这得到了朱载坖的同意，毕竟大明现在还是要收买人心的。
但是朱载坖也晓谕方逢时等人，非我族类，其心必异，对于这些倭奴土司，既要利用，也要防范，不能养虎为患，使得他们影响大明在倭奴都统使司的统治，还有就是加大对于倭奴都统使司和金银和铜料的开采，转运到大明各铸币厂，随着西洋商道的再次通畅
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