除了这些事情之外，朱载坖还启动了对于提督、总兵防区的重新划设，厘清整个朝廷的兵防体制和官军的驻防配置等事项。
首先就是明确朝廷官军的职责，不管是镇协官军还是各都司的脱产军士，都是朝廷的经制之兵，备守战，兼征伐是官军的主要任务，而对于地方安定等事项，则是主要由地方巡检官军负责，只有出现大规模的叛乱等地方无法处理的事情，朝廷才会调动镇协等官军予以镇压，加强地方官府实力。
对于边疆防御的调整，主要是根据实际任务来确定的，要详细的审查大明现在的国防情况，根据所受到的现实威胁来确定各边镇的辖区，同时区分外边和内边，还要加强海防等建设，对于九边，将部分边镇予以裁并，以减少朝廷所直辖的军镇数量，同时为沿海省份总兵官加海防，全称为镇守某地总兵官兼理海防，加强大明的海防，同时南北两直隶由于地位重要，所以不是镇守总兵，而是由提督军务予以镇守。
在东北方向，主要是两镇官军，也就是原辽东镇和大宁镇，同时将吉林都司划归辽东镇管理，镇守辽东总兵官由广宁移驻沈阳，方便指挥，在两镇三都司之上，是辽东总督和辽东提督，专门负责朝廷在东北方向的防务。
而在京师当面，蓟镇、真保镇、昌平镇、宣府镇地理较近，同时又是京师的门户，所以合并到一起，由直隶提督指挥，同时撤真保和昌平两镇，将这两镇的辖区交给蓟镇和宣府镇，同时两镇之兵也回归各镇和直隶提督直辖，在天津设立直隶海防总兵，负责管理直隶水师和岸防炮台，和北洋水师一道拱卫京师。
而本次改革的重点就是宣大山西等镇了，这里之前是朝廷的重点设防的地方，也是防备蒙古的前哨，这里驻防的官军数量众多，是朱载坖即位关注的地方，朱载坖认为，现在和蒙古实现了封贡，朝廷不必在山西屯驻重兵了，而且山西边镇数量太多，地方供应也非常之困难。
朱载坖在和军机处商量之后决定将原大同镇、山西镇合并为山西镇，同时从东胜卫到开平卫的大明塞外卫所、原万全都司各卫所等统一整编为山西行都司，设立万全镇，以万全镇为外边，山西镇卫内边，统一山西境内的兵防体制，同时将原宣大总
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