经军机大臣们讨论之后取自上裁，御批同意之后，将所需要整补的士卒总数交给兵部，兵部确定在各省直和各都司、行都司、留守司征募的士卒数量，与都察院一道派出募兵主事和御史，按照朝廷所制定的募兵则例招募士卒。
招募来的士卒由清军督练总署在各地接受复查无误之后，展开训练，为了训练新兵，朝廷在蓟镇、陕西镇、应天府、广州府、成都府设立练兵司和练兵都指挥使，水师则是在天津和广州设立督练处，负责培训水兵，在经过训练考核之后，由清军督练总署分发官军各部。
通过这种方式，朝廷不必行更戍而有更戍之实，能够最大程度的保证官军既有战斗力，同时不会出现将校专兵的情况，而同时则是要制定军纪，严肃军纪，朱载坖命令军机处以戚继光当年在蓟镇练兵时的军纪军规为纲要，编定大明水陆二师军纪军规，通行官军各部，对于违犯军纪的，照章惩处，使得官军战斗力得以强化。