对于重臣们的看法，朱载坖还是基本予以同意的，在整顿军令机构的同时，兵部作为军政机关的职能也要予以重视起来，作为军政机关，军制问题始终是军政机关最重要的问题，大明的军制确实是存在很大的问题，朱载坖要统一军令，首先要做的就是统一军制，只有军制统一，才能够保证大明官军的军令等统一，这点是极为重要的。
这样才能够为朝廷下一步的统一官军待遇，统一军令做准备，司农卿杨俊民就此事也提出了自己的意见，他对朱载坖说道：“陛下，自隆庆以来，用兵日多，靡费日广，盖兵不可轻募，已募则不能遽散，饷不可轻加，已加则不能复减。夫军有月粮不可减矣，而中有逃故月粮，不可住支乎？马有料草不可减矣，而内有倒死料草，不可扣除乎？将领既多朦胧，该道又不查点，惟巡按阅操，始雇觅应点，事已则虚冒如故。”
这点确实是朝廷现在所面临的问题之一，虽然朱载坖已经进行了多次的清军，但是由于军制不立，导致卫所、镇协官军的名册繁杂，有军、兵等不同名色，不仅仅是如此，不同来源的士卒，他们的军饷待遇也不相同，这些都导致了朝廷整顿军政，核实军籍的难度，也增加了朝廷的核实军饷的难度，所以现在首先要做的就是整顿军政，使得兵部能够切实履行军政机关的职能，这点是极为重要的。
大明的官军，主要还是有两种构成，即都司卫所和镇协官军，但是都司卫所并不承担野战任务，除了在农闲使节组织正军和军余子弟进行军事训练之后，其余时候，除了各都司的脱产军士之外，卫所军士主要是从事屯垦工作，而卫所的主要职能是朝廷能够直接控制一部分人口，这些卫所的正军和军余子弟，可以作为预备役使用，在朝廷需要扩充官军的时候，可以快速动员起来，同时在边疆的卫所还要承担起屯垦戍边的职能，所以在这种情况之下，卫所制度不能予以废除，只是不在作为官军野战的主力罢了。
而官军的主力则由脱产军士组成，这些脱产军士主要镇协官军、京营、亲军诸卫、禁兵和各都司、行都司、留守司的脱产机兵组成，而对于这些机兵的待遇，则由兵部制定详尽的规定，予以保证，同时军籍也由兵部管
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