们肯定是希望能够将这些土地留在地方，而不是交给卫所。
同时一些军屯的争端由于年深日久，实在是难以厘清，对于地方官府而言，这种事情实在是极为痛苦的，再加上这些士绅们在影响力，使得地方官府在处理此事的时候不免偏向于治下百姓和士绅，而卫所自然是不干的，尤其是现在五军都督府的权力得到了恢复，卫所则是一直上告，要求都司、行都督府甚至是都督府来解决此事，由此就形成了南方地方官府和卫所之间的巨大矛盾。
除了军屯土地这一因素之外，还有就是财政问题，因为按照朝廷现在定例，地方都司卫所脱产士卒的军饷、军粮等供应问题，是有朝廷和地方官府共同负责的，地方也要承担一部分开支，而镇协官军则是由朝廷全额承担军饷军粮的，所以对于地方官府，尤其是南方的地方官府而言，他们认为卫所是远远不如募兵的，卫所毕竟是要地方官府来承担开支的，而随着倭患的平定，南方暂时没有用兵之需，所以他们认为卫所是徒费钱粮，要求撤销或者是减少卫所的呼声不断。
同时他们认为应当加强募兵，尤其是本乡本土的募兵，南方的官员们之前上疏朱载坖称：“其家在是，则所获工食便于归寄，防春之暇便于归耕，其人善恶便于保结，召之则聚，散之则归。若四方泛募，则是乌合之众、无赖之徒，招之甚易，散之甚难。今日之兵，夫他日之盗贼也。盖离家久远，财不得寄归，淫酗赌博，恒心亡矣。一旦革之，非劫夺何以生乎？”
他们认为就是本乡本土募兵，才是最好的办法，因为本地应募者，官府可以通过户籍和产业进行控制，加以军事纪律和社会关系的约束，能聚能散；外地流民则既难加以纪律的约束，又没有产业的拖累，在解雇后容易成为社会的不稳定因素。这也说明东南募兵不同于被纳入卫所制的北边募军，官府需要后者终身服役及从其家庭获取长期稳定的兵源，故而不会予以解散；而前者既然存在被解散的可能，那么军役仅仅是本人有限的责任而不连带家庭。
这点也是南方和北方募兵的最大区别，同时南方的官员们认为卫所不堪大用，又难以解决，除了给地方增加负担之外，别无他用，他们在奏疏中说道：
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