保障这些百姓能够生存，朱载坖特地下旨：“彼等俱系新迁，并无积蓄，若不加以救济，则彼等拮据口食，不能尽力耕耘，失朝廷屯垦之意也。着加给升斗，俾无失所，免还续借口粮。可使安置耕种，年获丰收，俱各得所。”
同时西域自总督以下各府州县衙门，要根据各地地形地貌、环境位置、水源分布等，有计划、有步骤地配置人力、开发和利用土地。除了哈密之外，要兴建宜禾县为主的巴里坤垦区；以奇台为中心，包括木垒、东西吉尔玛太、东西葛根、吉布库等处在内的奇台垦区；以迪化为中心，包括济木萨、阜康、庭州、呼图壁、玛纳斯在内的轮台垦区。同时这些屯垦的开发，保障朝廷在西域有效管理。
朱载坖还严旨给吴兑等人，要求他们重视在西域的屯垦，在上谕中，朱载坖明确说道：“屯田为兵食攸关，果其草莱日辟，原足以壮声势而实边储，各官务必实心用事，勿负朕望！”