在这种情况之下，为了使得大明更加青睐自己，好保全自己的地位，同时扩充实力，武田胜赖决定彻底倒向大明，不仅仅上表求封、赐姓，极尽输诚之能事，还直接向安东都护府汇报倭国大名的动态。
方逢时则是在在处理善后事宜，将倭王等一干钦犯和抄没的家产等交给成国公朱应桢，押解回京师，同时接收原本倭国朝廷的土地，安排官军驻守，同时建立起大明在这些地方的行政、军事机构，还有就是调遣援军，朝廷所调发的援军已经开始陆续抵达倭国的，方逢时要和刘綎商量，将这些援兵调遣到倭国的要害地方，加以守卫，弹压地方，防止出现动乱。
而于此同时，方逢时还有一个很重要的任务，就是对于倭奴都统使司的土司安置，方逢时认为应该参考倭国原本的令制国，设立军民府等土司机构，任命这些地方势力为土官等土司官职，加强朝廷对于倭奴都统使司的管理，按照原本倭国的所谓律令制，整个倭国被划为五畿七道66州加上两个岛，一共是六十八国。
其实就是模仿的唐制，在律令制下，“五畿”指京畿区域内的5国，京畿之外的其他领土则仿中国唐制，共分七道。下辖共68国，并仿照唐360州，将国名简化为单字州，其中“五畿”为畿内五国:大和、摄津、河内、和泉、山城；“七道”指东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海七道。在五畿七道下置66个令制国外加壹岐、对马两岛。
令制国下设郡，郡下设里，其长官分别叫做国司、郡司、里长。这种以国、郡、里作为行政区划划分的制度在倭国历史上叫“国郡里制”。所以方逢时认为可以仍旧沿袭这个制度，将其和大明的土司制度结合起来，在倭奴都统使司下设七个宣慰司，即东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海七个宣慰司，虽然宣慰司的宣慰使也是土官，任用倭国的这些地方豪强担任，但是实施流官的管理，有安东都护府具奏朝廷予以任命。
而在各个宣慰司下，就是军民府、土州县等建制了，各个地方的大名，按照其所掌握的领土、人口和对大明的恭顺程度，分别授予土知府、土知州、土知县等官职，予以世袭，而原本倭国的所谓五畿还有原德川、丰臣等
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