现在朱载坖还要求巡按御史承担起更大的职能来，显然对于巡按御史来说是有些力不从心的，因为巡按御史的主要职能是监察，而不是司法，他们在地方更多的是监察官员是否有违法行为，这点是非常之重要的，御史是风险官员，并不是法司官员，这点定位是要清楚的。
虽然御史们在履行监察职能的时候不可避免的要接触司法，甚至巡按御史在履行职能的时候很重要的一项工作就是平反冤案，受理辖区百姓对于地方法司审判案件不公的申诉，按照朝廷规定，对于地方法司审理不公的，可赴按察司及巡按监察御史处陈告诉冤。巡按御史及按察司官即与受理推问。经审理裁断后，民诉冤抑如果得实，则将原审主管官吏依律究治。对于应请旨者，须具实奏闻。若原审未经结决，当事人又赴本管上司告理，巡按御史及按察司官不得辄便受状追卷或变易是非，须即时附簿，将卷宗材料发于原审衙门，令其在规定期限内立限归结。
但是总的来说，巡按御史行使的是监察权，即便是在涉及司法案件审理的过程中巡按御史介入了，更多的是行使的抗诉权而非公诉权，这个权力，确实不应当巡按御史在行使，而且巡按御史也确实没有那么多的精力在处理普通刑事案件，需要在都察院下成立一个专门的部门予以负责。
在和阁部重臣还有翰林院等予以商量之后，朱载坖决定恢复检事御史，在都察院下设检察总署，为从二品衙门，由左副都御史执掌，所谓检事御史，按后汉书所言就是：“御史检事，移付司直。”其职能就是是将所要纠劾的事项与典章律令相对照，如果查验出有违制的情况，就依照律令典章的规定移交有关部门处理。
朱载坖取检事御史的检和察，成立新的部门，也就是都察院检察总署，所谓察，覆审也。这就凸显了检查总署的职能，就是对于地方巡检司、州县官府从破获的案件，由这些检事御史和下属的检事们再次审核，要达到律令所规定的证据清楚，事实确凿，才能够由检事御史或者是检事们向大理院等审判机关提起官纠举，追究相关人等的责任。
而和大理院一样，检察总署也是三级设置，在都察院设立检查总署，负责与大理寺相制衡，而在各省直
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