，朱载坖也是认同朱翊釴的看法的。
其次就是要加强军政机关的作用，实施军政、军令的分开，太子能够想到这点，是朱载坖没有想到的，说明太子也在政务中得到了历练，之前兵部一家独大，侵夺五军都督府的权力，所以朱载坖之前所采取的措施是加强五军都督府的权力，同时利用练兵军务处管理镇协官军，剥夺兵部的军令职权，从实际效果来看还是非常之不错的，兵部原本日渐扩张的权力终于得到了抑制，五军都督府和练兵军务处分别行使对于卫所官军和镇协官军的训练、指挥等权力，
兵部逐渐回归到军政机关的职能上来了，但是对于兵部来说，现在职权不明也确实是一个极大的问题，太子就向朱载坖建议，明确兵部的相关职权，强化兵部的军政机关职能，使得兵部、五军都督府、练兵军务处等衙门形成制衡关系，不再出现一家独大的情况。
朱载坖认为朱翊釴的这个想法是很不错的，让朱翊釴自己组织实施，给朱载坖条陈上疏即可。