尚书的方钝要想支用南京户部的钱粮，也要上疏嘉靖，以急于星火，而无地可复加派，无处可吏搜括为理由，请求嘉靖圣裁之后以借支或者协济的形势直取部分钱财，这点也说明了南京户部还是有相对的独立性的。
但是其实在京师已经是大明实际上的首都和行政中心的前提之下，南京六部在地位上是和京师六部不平等的，这种不平等表现在各种方面，很简单的一个体现就是作为南京户部尚书，大司农不能自行其意，一一取决部覆而后能下藩郡，诸司索之愈急应之愈缓，南京户部尚书在很多时候是受制于京师的。
对于留都钱粮之事，南京户部尚书虽可上疏皇帝报告，但无一不需要经户部覆议，而户部的覆议很大程度上决定着南京户部所奏之事的最终决议。南京户部虽然有一定的自主权，但是毕竟还是受制于户部的，这点还是很明确的，但是朱载坖认为这样还是不够，虽然朝廷设立了南六部，但是京师作为朝廷中枢的地位是不能动摇的。
这点也得到了内阁和六部的支持，在具体的行政当中，南六部和内阁、六部甚至和督师南京大学士之间龃龉颇深，他们对于南六部也确实是有些头疼的，但是留都建制也算是大明祖制，即便是朱载坖也不能直接说将南京六部予以撤销，这点是肯定不行的，朝廷要在保持南京各部院建制的情况下，对于南京的各部院予以调整。
这点其实大明已经有过经验了，对于南京六部，从洪熙以来，留守南京的这套机构在国家权力机构中一直是实际上的留都机构，虽具有同京师各部院一样的品级，但始终在职权与地位上与北京各部院无法比拟，不仅时常遭到人员裁减，甚至其衙门官署也得不到重视，“六部司属公署零星狭窄，若刑部诸司，几不蔽风雨矣”。
不给南京各部院配置足额的官员，也是朝廷制约南京各部院的一个重要手段，而以南京户部为例，按照朝廷规定，文职公署，衙门、官员品级与北京同，从编制来说，南京户部组织机构和人员配备亦与户部相似。从组织机构看，南京户部同户部相仿地设有司务厅、照磨所、十三司等本部机构，辖有“宝钞提举司，广积库，承运库，赃罚库，甲、乙、丙、丁、戊五字库，宝钞广惠
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