在勋臣们受到重创之后，皇帝对于军队的控制确实受到了很大的影响，从土木之变后，大明文贵武贱的格局就开始形成，文官和兵部的权力就逐渐压倒了勋臣们和五军都督府，这点其实朱载坖是很清楚的，大明的历代皇帝，也都在思考怎么加强对于军队的控制。
主要采取了设立自己的亲兵，甚至以太监监军，试图加强对于军队的控制，从宪宗到世宗，都在采取不同的办法加强对于军队的控制，但是收效甚微，一直到了朱载坖才对于军队加强了控制。其实朱载坖的办法并不复杂，首先就是提高军队的待遇，保障军饷，这点说起来容易，但是真正做起来就是知道绝不是那么容易的了。
大明官军百万，不仅仅有军饷，还有口粮、军器、甲胄等等，每年索要花费的钱粮数以千万计，之前的历代皇帝们，哪个不清楚军队要花钱？他们都清楚，没有军饷的军队就绝对谈不上忠诚，世界上没有无缘无故的爱，忠诚也是如此，忠君爱国也不能当饭吃。所以要想军队忠诚，首先就是要保障军饷，大明官军之前哗变频发，主要就是为了闹饷。
然后就是培养军官队伍，为什么文官能够轻易把持军事权力？主要原因就是大明的军官们的之前太过于拉胯了，勇于捞钱，怯于作战，别说文官，就是皇帝也无法信任他们，所以朱载坖一方面加强勋臣袭爵和勋臣的能力培养，任用一些勋臣武将掌兵，恢复大明以勋臣领兵的传统。
其实这点也是继承嘉靖的传统，嘉靖继位之后，对于勋臣就采取了大力扶持的态度，不仅仅为之前的开国功臣复爵，成国公朱希忠、朱希孝兄弟，还有武定侯郭勋等人，都是加以重用，同时还恢复了勋臣出外任总兵的传统，朱载坖即位之后，对于嘉靖的这些政策都予以延续，同时为勋臣更新血液，培养了以马芳、戚继光、李成梁为主的新一批勋臣，强化对于军队的控制，还通过武学，将原本属于兵部的卫所军官世袭和军官的选任大权予以收回了。
朱载坖通过各种方式，将官军控制了起来，实现是皇帝对于官军的直接掌控，从这点来说，朱载坖做到了之前几代帝王都没能做到的事情，这点也是朱载坖为什么可以对朝臣采取相对强势态度的原因。
而对于朱
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