对于朱载坖让皇长孙中断学业，跟随自己视察文思院的进展，甚至让文思院的这些人给皇长孙上课，这在臣子们中引起了极大的风波，在他们看来，皇长孙作为大明未来的储君，自然是应该接受完善的教育，而教育哪有他们这些饱读经史的读书人更擅长呢？
朱载坖不让皇长孙接受讲官们的教育，而是让这些所谓文思院的官员教授皇长孙格物之道，这还得了，这些人不过是些道士、工匠，怎么能够为皇长孙授课，这下连内阁辅臣等都纷纷上疏，请求朱载坖重视皇长孙的学业，皇长孙现在的年纪，正是接受教育的时候，要讲官积极进讲，朱载坖作为皇帝，也应该教导皇长孙。
于此同时，不少臣子还对朱载坖进行了批评，认为朱载坖怠惰政务，要求朱载坖勤御朝讲，不要轻举妄动，一时之间整个朝廷都鸡飞狗跳起来，但是朱载坖丝毫不为所动，一面继续请戚继光等老将为皇长孙教授兵法，讲解与军事有关的事项，一面命令教授皇长孙武艺，朱载坖则是亲自带着皇长孙在西苑里面学习使用燧发火铳，一时之间西苑里面倒是枪声不断。
朱载坖也并没有让皇长孙完全不接受经史教育，只不过是将经史教育在整个皇长孙教育中的比例大幅度下降了，原本皇室子弟基本上都是以经史教育为主，但是现在经史教育不再是主要的内容，在皇长孙的整个教育时间内，经史教育的比例下降到不足一半，而且主要是历代通史为主，这就使得很多臣子们不满。
对于这些奏疏，朱载坖也并没有予以理会，朱载坖现在将庶务交给了太子处理，自己才能够有充分的时间亲自教育皇长孙，哪里轮得到这帮臣子们来多说什么，朱载坖对于这些奏疏一概留中不发，同时在文华殿召集内阁辅臣、吏部尚书王国光、户部尚书梁梦龙、总理盐政庞尚鹏、总督仓场杨俊民、左都御史杨继盛、兵部尚书徐渭、兵部尚书署部事王崇古等重臣们一道讨论有关商税的事情。
朱载坖首先点名让首辅张四维发言，张四维其实已经通过密疏表达了自己的意见，因为张四维自己就是出身于商贾之家的，所以在很多时候是相对倾向于商贾的，所以张四维在给朱载坖的密疏中就明确说道：“三代后之言财用者，皆移
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