张居正自己就是出身于卫所军籍，对于这些事情是极为了解的，朝廷不止一次的清丈军屯，但是效果并不好，大家都很清楚，想恢复军屯旧额，就必须反击卫所军官和地方豪强的侵占行为，清出这些被侵占的屯地。从宣德以来，朝廷多次的清丈军屯，试图解决这个问题，但是实际上的成效是不大的，军屯和籽粒日渐减少。
朝廷之前清丈的办法通常是根据原来的军屯土地鱼鳞册，丈量土地，清出被隐占和侵吞的屯地或者荒地，交给原来的屯军耕种，或另招余丁补种。但是这种办法效果并不好，清丈措施在实行过程中，往往会遭到卫所军官和地方豪强顽强的抵制和阻挠，最明显的例子就是正德时期，当时掌权的太监刘瑾也准备清丈军屯，这些卫所军官当即予以反抗，义州、辽东、宁夏等地接连发生兵变，最终导致了刘瑾的垮台。
而张居正则指出了一个重要的问题，原本应该支持朝廷清丈军屯的士卒们其实对于朝廷的清丈军屯并不在意，这些卫所士卒们也不积极配合。因为清丈屯地不过是把士卒们进一步束缚在军屯土地上进行奴役和剥削。况且清出的军屯土地又不是士卒们的私产，因而他们“得田入手，潜复兴卖”，“终不能禁军之贫者以田帖为货也”，朝廷实际清丈的目的非常之有限。
现在朝廷的军屯籽粒从永乐、宣德时期最高峰一千万石，到现在不过二百多万石，朝廷损失了大量的税粮，这点确实要值得重视的，经常巡视九边的官员们也向朱载坖指出，现在军屯的状态是膏腴之地夺占于官家,瘠薄之田荒芜弃为秽莱,有有军无余丁者,有有军余而无力不能耕者，军屯荒芜，不一而足。
现在军屯的状况确实是非常之差，但是张居正和张四维向朱载坖上疏想要说明一个问题，就是朝廷清丈军屯的目的是什么，这点是很重要的，朱载坖认为，清丈军屯的目的是为了充实卫所，保证朝廷的官军始终有充足的兵员，还有军屯所产生的籽粒，也就是军屯的赋税，也是卫所官军军费的重要补充。
朱载坖也很清楚，必须要对军屯的制度予以改革，不仅仅是在军屯的赋税上，对于军屯的整个制度也要予以变更，朱载坖很清楚，原本的那种制度无法执行下去，朱载
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