在琅琊渡过了三个月后，秦始皇继续南巡，到达彭城。在彭城继续斋戒祭祀当地的神明。有传言说周王曾将九鼎偷运出洛阳，结果在彭城时船沉了，九鼎就此没入泗水中。秦始皇派了上千人潜水打捞，自然是一无所获。随后渡过淮水，南巡至衡山，而向北折返，进入南郡，到达江边。秦始皇又祭祀了湘山。祭祀结束后，当秦始皇准渡江时，突然狂风大作，江上浪涛汹涌，秦始皇的渡船几乎倾覆。好不容易上了岸，秦始皇很生气地问博士道：“湘君何神？”
博士答道：“闻之，尧女，舜之妻，而葬此。”
秦始皇认为，这一征兆表明湘君对秦的祭祀不满，不认可皇帝的天子之位。他当即下令，征召三千刑徒，将湘山上的树全都砍光，还在山上撒上赭石，代表剃光了湘君头发，将祂罚为刑徒。
在惩罚了湘君后，秦始皇又巡视了南郡、南阳，从武关返回咸阳。
秦始皇二十八年的这一次巡游，皇帝周游相当大的疆域，祭祀了各地所有已知的重要神明，除了遭遇湘君的抵抗外，其他神明看来都对秦始皇的天子之位表示了认可。
这次巡游，秦始皇率领自己的主要行政团队，以及郎卫、军队，规模数万人，行程在万里以上，耗费了大半年的时间，从春天出游，归来时已经是秋末。
休整了没几个月，第二天春天，秦始皇再次东游。但这一次他遭遇了严重的打击。打击不是来自于神明，而是人力。当秦始皇的大军行至阳武博浪沙时，狂风暴起，飞沙走石，队伍不得不停下。而就在大家抵御狂风的混乱之中，一柄大铁锤从天而降，正正砸在秦始皇所乘坐的一乘安车上。
所谓安车，就是一种车厢四周有盖的大型马车，乘车人在里面可以避风挡雨，还可以躺下休息，甚至可以办公，相当于当时的“房车”。秦始皇出行备有一乘革车、两乘安车。当大军行走在人烟稀少的地方时，秦始皇就坐在安车之内；进入城邑后，如果必要，他会出来，立于革车之上，接受众人的礼拜、欢呼。博浪沙是一片河滩沙地，连耕地都没有，更谈不上城邑，所以秦始皇是坐在安车之中。但秦始皇比较谨慎，他每天坐在哪乘安车中，一般人都不知道，可能只有最亲近的人如太仆赵高知道。
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