他针对韩非的意见，发表自己的见解。
面对这么明显的站队，李斯自然不可能站错，他上书道：
诏以韩客之所上书，言韩子之未可举，下臣斯。甚以为不然。夫韩虽臣于秦，未尝不为秦病，今若有卒报之事，韩不可信也。秦与赵为难，荆苏使齐，齐、赵之交未必以荆苏绝也；若不绝，是悉赵而应二万乘也。夫韩不服秦之义而服于强也。今专于齐、赵，则韩必为腹心之病而发矣。韩与荆有谋，诸侯应之，则秦必复见崤塞之患。
臣斯请往见韩王，稍召其社稷之臣；因令象武发东郡之卒，则齐人惧而从苏之计。赵氏破胆，荆人狐疑，必有忠计。荆人不动，魏不足患，则诸侯可蚕食而尽，赵氏可得与敌矣。愿陛下幸察愚臣之计，无忽。
李斯自告奋勇愿意去韩国，敦促韩王割地求和。他建议秦王，找个由头将韩非拘禁起来，以此为借口向韩王问罪，以逼迫韩王让步。
由头很快就找到了：韩非派往郑国报信的武士未能潜出咸阳，就被秦人发现。毕竟，韩非公子只有那十名随从，还有两位女人和两位僮子，真正的成年人只有六人，大约只需要一天时间就能认识。武士虽然化了妆，但还是被巡守的士卒认出。略加搜索，就找到了韩非写给韩王的密信。依次上报，到了内史府。内史带着这封密信报告了相府，二相立即入宫报告秦王。
秦王即令内史与廷尉联合审理此案。
人赃俱获，韩非也无法申辩什么，他只称愿与秦王相见。但秦王根本不见他，将他和随从一起关进了云阳的监狱中。