毁严重的地方就是巴达维亚城的城防体系，特别是北面城墙，有多处城墙已经在连日鏖战中塌陷，失去了应有的功用。东印度公司前两年花费巨资在城外增筑的堡垒虽然为这次防御战立下大功，但也全都在交战中化作了瓦砾废墟。马打蓝军破城之后，双方在城内街道上展开的连日街头交战，也损坏了大量的城内建筑，特别是城市中心的议事会城堡周围两三百米范围内，几乎已经看不到任何一栋完好无损的建筑物。荷兰人要想重建这些区域，所需花费的财富也绝非小数目。
除了这些一眼就能看到的损失之外，另一个不可忽略的损失，便是本地人口在这场战争中的损耗。如果把死伤、逃难、被敌军掳掠的人口粗略加到一起，那么这场战争给巴达维亚当地带来的人口损失至少上万。而且损失的人口中有相当一部分都是青壮男子，这对于战后需要投入大量劳力的重建工作来说，要算是一个不小的噩耗了。
此外连日交战中有大量的尸体都被抛弃在城内外来不及掩埋，极易在战后引起疫病爆发。还有本地的粮食补给也已宣告中断，存粮所能维持的时间也很有限。诸如此类的麻烦事还有很多，对于东印度公司来说，战后的巴达维亚可以说是一个非常难以收拾的烂摊子。
经济上的损失倒还好，毕竟只要地方还在，东印度公司就能依靠继续经营东西方之间的海上贸易来获利，巴达维亚迟早都能恢复南洋贸易中心的地位，再说趁着马打蓝主力尽出疯狂袭击南洋各地港口的这支荷兰舰队，也着实在这一个月的时间里捞到了不少真金白银。虽然未必见得能完全弥补巴达维亚所蒙受的损失，但多少也能补贴上一部分重建工程开支了。
当然对战后乱局感到头疼的只是一些高层人士，绝大部分的普通百姓仍然很庆幸自己能够平安地活到战争结束。成大朋虽然经历过更为严重的战乱，并且在这次这次的巴达维亚攻防战中并没有遭遇什么大难，但近一个月的时间里仍然让他重温了劫后余生的感觉。大成米行在这场劫难中算是非常幸运，没有出现人员上的伤亡和大的财产损失，虽然战前就被议事会查封并运走了大部分的粮食，但这些粮食也并非无偿征用，战后肯定还是会慢
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