但是对于内地的兵防，到底应该采取什么样的形式，却是大臣们争论的要点，主要问题就是在内地应该部署什么样的官军，现在大明的官军已经实施了两种体制，即镇协官军和卫所官军，镇协官军主要是在九边、京营、亲军诸卫、水师和沿边，是全脱产的官军，不管是武器装备还是训练水平和战斗力都是官军中最强的，而卫所官军不是全脱产的，只有部分士卒按照比例脱产，在武器装备、训练水平上是远远不如镇协官军的。
但是卫所官军相对便宜，首先是卫所有军屯，在朱载坖降低了军屯籽粒，清丈军屯土地之后，大明卫所的军屯得到了保障，现在卫所军屯的籽粒有地方官府负责征收，足够保障二分脱产士卒的军粮，而卫所官军的军饷，虽然也编入军费预算之中，但是主要是算在地方留存钱粮中的，对于朝廷财政的影响不大，除了沿边各省的卫所官军需要朝廷资助之外，其余各省卫所官军的军饷都是由地方承担的。
所以户部尚书王国光等人认为，内地毕竟不同于边镇，军事压力没有那么大，没有必要配置镇协官军，还是应该以卫所官军为主，毕竟这是祖制，卫所兵的战斗力是差了一点，但是又不是要他们去打北虏南倭，安靖地方足够了，王国光认为，把镇协官军的总员额压缩到六十万以下，节省朝廷的开支。
对于户部的这个意见，遭到了以戚继光为首的参赞军务大臣的反对，他们认为，朝廷是要减少在九边部署的镇协官军数量，但是并不意味着朝廷大幅度压缩官军编制，现在朝廷并不安定，东北的土蛮、西部的青藏和西域，西南的土司，还有倭国、西夷、南洋等各个方向上大明都要保持一定的兵力，裁减官军的话，会导致大明无法守卫现在疆土，所以他们坚决反对裁减官军员额。
而且戚继光还指出，内地也必须要有一支精锐之师，才能够保证朝廷对地方的控制，虽然地方的流寇、土匪等，看似战斗力不强，但是流寇善于运动，土匪往往都盘踞在地势险要的地方，对于地方来说，要剿灭这些人，仅仅依靠卫所官军和巡检司是不够的，他们疏于训练，缺乏武器装备，战斗意志不强，往往被他们击败，徒耗钱粮，而在地方维持一支规模不大
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