万入援官军主要就是两件事情，第一就是整训，互相熟悉磨合，第二就是演习，针对预设的各种情况，提前加以演练，防止出现临机失策的情况。
在整训的过程中，朱载坖准备将戚家军的一些的措施先贯彻到这两万入援官军上去。
第一个要做的就是提升官军士卒的个人武艺，朱载坖自己从私房钱钱中拿出黄金三千两，充作犒赏士卒的经费，在这两万官军之中推行戚家军的赏罚办法。
第二个要做的就是整顿军纪军容，朱载坖今天也发现了，不管是李成梁部还是张承勋部、时陈部，都或多或少的有些军纪松散，这也是现在大明官军的首要问题，官军军纪松懈，仅靠军官自身能力和士卒个人武艺，是很难适应大规模战争的。
而且李成梁部和张承勋部都算是目前大明官军之中的精锐了，军容还算说得过去，时陈所率的蓟镇机兵，虽然已经被时陈挑选过了，但是朱载坖明显感觉的到军容远远不及李成梁和张承勋部，所以朱载坖同时也要整顿军容，给各部自行统计缺少的军服甲仗、兵器等，朱载坖一一补充，然后照戚家军加以整顿。
最后就是训练的科目了，今日检阅，各部也都上前演武了，但是朱载坖明显感觉得到，张承勋部和时陈部的演武有些表演多过训练，尤其是时陈的蓟镇机兵，演练的科目华而不实，和实战差距很大。
关于这些问题，其实不少有识之士都曾经说过，之前兵部尚书杨博就曾经上疏说道：“今之阅者，看武艺，但要周旋左右，满片花草；看营阵但要周旋华彩，视为戏局套数，谁曾按图对士一折一字考问操法，以至於终也。此是花法胜，而对手工夫渐迷，武艺之病也；虚文张，而真营却废，制阵之病也。”
朱载坖不会犯这些错误，他现在就要开始纠正这些弊病，从最简单的结阵、行军、放箭、刺杀、放铳、放炮考核起，两万官军，各按兵种和科目加以训练考核，优胜者受赏。
在朱载坖的强势命令下，李成梁开始组织官军开展训练，为了给李成梁立威，考核的赏罚大权，朱载坖一应放权给李成梁，由他处理，同时朱载坖也再次重申了军法，大明律有专门的兵律，还有所谓十七禁五十四斩的军法，朱载坖下令全体官
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