兵虽然号称总镇军门，但是在地方督抚的眼中如同牛马走狗一般。
若是像江东、杨博、曹邦辅这样知兵的大臣总督数镇的话还好，可怕的就是那些不知兵的人一旦担任督抚大员，胡乱指挥，就会导致官军大败，所以朱载坖认为，应当重将权，也就是提高总兵的权力，尤其是在军事指挥上权力。
镇守总兵官设立的目的，就是为了保证边境安全。在战时，镇守总兵官要负责带领军队出征。在太祖、成祖、仁宗宣宗时期，总兵总揽军务，权力极大，而自正统以来，镇守总兵官的地位呈现出不断下降的趋势，与之相反的，军镇内部镇内部的文官系统、宦官系统权力开始抬头，不断侵夺总兵官的权力。
嘉靖以外藩入继，与宦官的关系较为疏远，所以在继位之初，就惩处了一批在前朝恶迹昭彰的内官，作为树立威信的手段。加之自嘉靖二年以后，军镇中频繁发生士兵哗变的事件，镇守内官在军镇中侵占屯田、私役军士的恶行被公之于众，文官团体趁机发力，不断向嘉靖上疏，陈述宦官出镇之害。
嘉靖九年八月，巡按云南御史毛凤韶上疏，请求裁撤云南镇守太监，获得批准。有鉴于此,各级官员纷纷上奏，请革内臣。在得到嘉靖批准后，各地裁撤镇守宦官的工作陆续展开，直到嘉靖十八年五月,朝廷下令，命所有镇守内官其尽数取回，自后永无遣之，镇守内官制度就此终结，九边军镇正式进入文官领导的时代。
现在不仅是总督凌驾于总兵之上，巡抚、巡按每于年终各开总兵武臣贤否揭帖，从兵部奏请考察，总兵官的去留很大程度上要受到巡抚巡按的影响。
朱载坖在给嘉靖的密疏中说道：今各边总兵、廵抚，遇一敌、出一军、赏一有功、戮一不用命，皆不得自专，必须奏请，事由中制，而欲责之成功，不可得也。
不光如此，分守、分巡等官员的权力也得到加强,又有兵备道、督粮道等官，一个不断调整、扩大、完善的文臣领导系统在九边地区确立,形成总制、总督节制数边,巡抚、总兵文武分制,文官系统下设守、巡、兵备诸“道”，武官系统下设副总兵、参将、游击的格局。
而总兵官的地位就十分尴尬了，在上面，有督抚大员的直
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