后，加重了内阁的权力，但是内阁仍旧无法完全控制部院，部院和内阁之间的因为权力仍旧是时常予以斗争，内阁与部院的这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了朝廷的行政效率。在客观上，则有利于阉宦的擅权乱政。
第二点就是内阁和司礼监的斗争，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。在制定这个制度的时候，本意是为了互相制约，既防止出现权臣，也防止出现权宦。
但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比，因此，他们之间不可能有真正的相维相济，而只能有对权力的激烈争夺。皇帝宠信太监时，司礼监尽夺内阁权力，而即便是在嘉靖朝这样的阉宦势力受到极大的抑制的时代。
黄锦、麦福等大太监依然有着极为强大的影响力，严嵩、徐阶等人是不敢轻易得罪他的。
第三点就是可能加剧朋党还有内阁和科道的对立，加剧朋党主要是由于内阁阁臣之间的倾轧所导致的，阁臣间的倾轧主要是由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在隆庆以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
而科道和内阁的对立也是加剧朋党的一个重要因素，因为内阁和部院之间争夺权力，主要就是通过科道来进行的，双方都把科道作为有力的武器，互相之间进行攻讦，同时阁臣之间的互相倾轧也常常利用科道，这点都是朱载坖极为担忧的。
所以对于朱载坖来说，这次由于京察大计而引发的阁部冲突，其实是大明内部深层次矛盾的一个表现罢了，作为皇帝，必须有见微知著的能力，发现祸患并且能够及时及时处理，这点才是皇帝的主要作用。
太子自然也是很清楚其中的利害的，朱载坖自从退居西苑以来，很少干预日常政务了，但是这次朱载坖不仅仅是极为重视，甚至是主动的参与，可见朱载坖对于此事的重视。
朱载坖认为借由此事，必须要解决的是三个问题，第一就
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