朱载坖认为，哈萨克是大明可以争取的对象，同时将哈萨克作为大明日后在西北边外的藩篱，统一抵御俄国人未来的扩张，同时对卫拉特四部予以制衡，所以朱载坖决定派遣使臣出使哈萨克，同哈萨克予以接触，只要哈萨克愿意向大明称臣纳贡，世守藩篱，大明愿意支持哈萨克，而且大明将会和哈萨克一道限制卫拉特部，将卫拉特部限制在阿尔泰地区，作为大明在西北的又一藩篱。
所以现在官军仍旧不能南下，朱载坖给李成梁和吴兑的命令是在夺取玛纳斯之后，在当地兴建城池，同时开展屯垦，修筑道路，囤积粮秣等，同时官军要给卫拉特四部以强大的压力，便于朝廷和卫拉特四部的谈判，还要建立整个西域的兵防、邮驿系统，加强屯垦。
现在对于西域来说，最重要的就是缺乏人力，由于大明的领土扩张，朝廷短时间内很难再招募大量的流民前往西域，朱载坖在和刑部商量之后，决定调整流刑的适用范围，敕令各省直提刑按察使司和大理寺，对于已经判决的流刑罪犯，一律流放西域，同时对于可以赎刑但是家庭贫困无法赎刑的杂犯死罪罪犯，减死一等，流放西域，永不放归，非十恶之罪以及杀人等重犯的真犯死罪罪犯，减死一等，刺字之后流放西域，屯垦戍边，遇赦不赦，通过将这些人流放到西域去，加强朝廷对于西域的控制。
同时就是将东北的女真人等向西北迁移，让他们为国戍边，虽然朱载坖在将建州女真部尤其是觉罗部消灭了之后，女真人消停了，一直是比较安分的，但是毕竟在辽东之地，朱载坖认为他们始终是一个祸患，尤其是从嘉靖末年到现在，女真人休养生息，人丁滋生，势力做大，之前朱载坖也曾经多次征调女真人为大明作战，将他们派往倭国等地方，也取得了比较好的成果。
但是随着朝廷对于辽东和吉林的开发加深，朝廷和女真的矛盾也在逐步积累，在王台、王兀堂等老一代的女真首领去世之后，虽然尼堪外兰等女真首领仍旧忠于大明，但是新一代的这些部落首领常常因为各种琐事和大明的边军发生冲突了，提督辽东、大宁、吉林军务黑春和辽东总兵官严绍庭也已经多次上疏朱载坖，认为女真又开始皮痒了，建议出动官军，
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