而另外一件大事就是水师的训练问题，现在西洋使臣很快就要到了，朱载坖任命俞咨皋和毛海峰对于大明水师加以整训，提高水师的战斗力，这点朱载坖是很重视的，但是俞咨皋、毛海峰等人在对于水师的情况进行视察之后，认为现在大明水师的战斗力不容乐观。
由于水师平日里缺乏训练，在几场大的战事中水师也多是充当运输等偏师的职能，没有和大明水师实力差不多的水师和官军水师交战国，缺乏实战使得朝廷水师的战斗力大打折扣，只能算是粗通航海，炮术等都远远不过关，水师的战斗力是极为堪忧的，俞咨皋和毛海峰上疏请求朱载坖在水师内部行裁汰之法，对于那些不能够提升自己技术，尤其是操船、炮术的军官、士卒，予以惩罚。
朱载坖对此此事是极为重视的，朱载坖很清楚水师的作用，对于水师，朱载坖也是投入巨资的，同时也对大明水师寄予厚望，希望大明水师成为大明的海上长城，但是由于缺乏历练，水师的战斗力确实是一言难尽，这点朱载坖也是很清楚的，和大明的陆军不同，不管是对北虏、西域、海虏、女真、缅甸、交趾，朝廷官军在这二十多年里征战不断，积累了丰富的经验。
而水师平日里只能够干些缉私巡海的活，即便是有大仗，水师所能够担负的也就是帮忙转运官军或者物资粮秣等杂活，要不然就是炮击港口，断绝贸易等事情，在南洋上，大明水师确实是难觅敌手，水师官兵懈怠，也是正常的事情，朱载坖当然也知道这样的情况，现在要想给大明水师找势均力敌的敌人只能够是在西洋了，不过朱载坖现在还不打算和西洋人翻脸，但是水师的训练是必须要抓起来的。
朱载坖亲自下诏，赐予俞咨皋、毛海峰天子剑、银令箭，对于水师训练中不认真或者无法达到朝廷所规定的科目的官兵，要予以处分，同时从水师学堂调遣学员上舰，以保证朝廷水师的战斗力，加强水师强度，务必提升水师的战斗力。
对于西洋使节的情况，也要密切关注，朱载坖还命令以半年为期，对于水师予以训练，半年之后，朱载坖亲赴天津，校阅水师，检阅水师的战斗力，朱载坖以御驾校阅的方式给水师施加压力，要求水师加强战斗力。
而内廷
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