航线也非常紧张了。
从马尼拉南下穿过婆罗洲、棉兰老岛与苏拉威西岛围成的西里伯斯海之后，便进入到所谓的“战区”了。
鉴于补给船队需要尽可能规避风险的特殊需求，吕宋作战司令部建议这次任务的航线不要选择最短的一条，即从战区正中间的马鲁古海、班达海、帝汶海穿过去直抵新大陆。
这条航线的航程虽然最短，但遭遇西班牙舰队的风险也是最大，之前遇袭的补给船队，就正是在这条航线上栽了大跟头。
厉振成倒是很想带着自己的人马去跟西班牙舰队碰一碰，不过这并非台湾舰队的主场，他也不能违背吕宋作战司令部的意愿行事，因而只能选择航程更远但风险较低的绕行航线。
一条是从战场西侧，婆罗洲与苏拉威西岛之间的望加锡海峡穿过，再向南穿过巴厘岛与龙目岛之间的龙目海峡，再折向东南驶往新大陆北门港。
这条航线虽然比穿越战区的最短航线长了近一半，但胜在相对安全，而且龙目岛周围在近期刚由郑阿贵的连队进行过清剿，附近区域已经基本没有西班牙人存在了。
另一条航线则是走东线，绕过交战海域，贴着巴布亚岛西侧海岸南下直至北门港。这条线的航程比西线短一千多里，但途中有很多尚未完成清剿的海域，可能会存在一定的风险。